【原】R笔记:两配对样本的显著性检验
跟两独立样本相对应的是两配对样本，生物医学中常见的案例是治疗前后的比较，两种检测方法的比较(同一样本接受不同的检验方法)、配对的对象接受不同的处理。根据不同适用条件，常用的统计方法有:两配对样本的t检验、两配对样本的非参数检验(如Wilcoxon符号秩检验)、配对卡方检验(McNemar)。 【1】两配对样本的t检验其本质是两配对样本的差值与0的比较。跟两独立样本的t检验一样，两配对样本的t检验用到的函数也是t.test {stats} {stats}默认的是两独立样本的t检验，在进行两配对样本的t检验时，只需要将默认的paired = FALSE修改为paired = TRUE即可。 t.test {stats}:Student's t-Test，Performs one and two sample t-tests on vectors of data. t.test(x, y = NULL,alternative = c(\"\", \"less\", \"greater\"),mu = 0, paired = FALSE, = FALSE, = 0.95, ...) 配对t检验也要求正态分布，但与两独立样本的t检验不同，配对样本的t检验要求的两配对样本的差值呈正态分布。李斌,贺佳等.医学统计学(第6版).北京:人民卫生出版社,2013. ①数据导入 library(openxlsx) pttest<-(\"D:/Temp/\",1) ②正态性检验d=pttest$before-pttest$after (d) ③配对t检验t.test(pttest$before,pttest$after,paired = TRUE) 或 t.test(pttest[1:12,2],pttest[1:12,3],paired =TRUE) Shapiro-Wilk检验表明，差值呈正态分布(W=0.88，P=0.08>0.05)，可以采用配对t检验进行差异性检验;配对t检验结果显示:t=3.74,P=0.003<0.05，可以认为饮用咖啡前后运动者的心肌血流量存在差异。【2】两配对样本的非参数检验:Wilcoxon符号秩检验当配对样本的差值不满足正态分布时，需要改用非参数检验。差值正态的数据也可以使用非参，只是检验效率低一点而已。跟两独立样本的非参数检验一样，两相关样本的非参数检验常用的函数也是 {stats}.，但需要将默认的paired = FALSE修改为paired = TRUE。 {stats}:Wilcoxon Rank Sum and Signed Rank Tests，Performs one- and two-sample Wilcoxon tests on vectors of data; the latter is also known as ‘Mann-Whitney’ test. (x, y = NULL,alternative = c(\"\", \"less\", \"greater\"), mu = 0, paired = FALSE, exact = NULL, correct = TRUE,conf.int = FALSE, = 0.95, ...) 颜虹等.医学统计学(第2版).北京:人民卫生出版社,2010.8. ①数据导入 library(openxlsx) nptest<-(\"D:/Temp/\",2) ②正态性检验d=nptest$before-nptest$after (d) ③Wilcoxon符号秩检验(nptest$before,nptest$after,paired = TRUE) 或 (nptest[1:12,2],nptest[1:12,3],paired =TRUE) Shapiro-Wilk检验表明，差值不呈正态分布(W=0.82，P=0.026<0.05)，采用配对t检验是不合适的，需要采用两相关样本的非参数检验，结果显示P=0.0041<0.05，可以认为溶脲脲原体会影响到家兔精子的密度。警示信息的出现主要是由于数据中有重复数据(打结现象)。【3】配对四表格设计的卡方分析配对卡方检验我们用的McNemar's Chi-squared Test，使用函数 {stats}:Performs McNemar's chi-squared test for symmetry of rows and columns in a two-dimensional contingency table. (x, y = NULL, correct = TRUE) x:either a two-dimensional contingency table in matrix form, or a factor object. y:a factor object; ignored if x is a matrix. correct:a logical indicating whether to apply continuity correction when computing the test statistic. 颜虹等.医学统计学(第2版).北京:人民卫生出版社,2010.8. ①数据导入 library(openxlsx) mctest<-(\"D:/Temp/\",3) ②生成配对四表格矩阵
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